Riguardano più frequentemente lo stomaco e il colon. Spesso si tratta di lesioni neoplastiche benigne e maligne. Soprattutto nel colon sono relativamente frequenti gli adenomi (polipi) che, inizialmente benigni, possono subire la trasformazione in carcinomi. Quando evidenziati, gli adenomi devono essere asportati o per via endoscopica o per via chirurgica. In tutta la chirurgia resettiva del tratto gastro-ileo-colico l’uso delle suturatrici meccaniche ha apportato notevoli vantaggi di sicurezza.
Le malattie infiammatorie sono rappresentate dall’appendicite (appendicectomia video-laparoscopica), dalla colite ulcero-emorragica e dalla cosiddetta malattia di Crohn: queste ultime diventano di competenza chirurgica soltanto dopo fallimento della terapia medica o per complicanze.